r-kaji こんにちは!質問をフォーラムに投稿していただきありがとうございます。
ボーンやスロットなどスケルトンの構造自体のマージ方法につきまして、今後改善を行う予定はあります※が、残念ながら短期的な計画の中には含まれていません。
(※例えば以下のようなissueチケットがあります:
EsotericSoftware/spine-editorissues/582)
そのため、現在の機能で問題を解決するには、Spineエディター上ではテンプレート画像をスケルトンにアタッチして実行時に画像を差し替えたり、Spriteから画像をスケルトンに渡してテクスチャアトラスに追加することをお勧めします。
前者の方法はSpine Runtimesガイドのランタイムスキン - #アタッチメントの作成セクションで説明されています。
後者の方法はspine-unityランタイムに具体的なやり方を示すサンプルシーンが含まれており、以下の動画の18:45〜18:57で簡単に紹介されています:
ドキュメントではこちらのセクションで解説しています:ランタイムでの再パッキング
また、Spineユーザーガイドのスキンのワークフローセクションでも大量のスキンが必要になる場合の効率的な作業方法について紹介していますので参考にしていただければ幸いです。
何か不明な点がありましたらどうぞご遠慮なくご質問ください!